Основана в 1985 году и стала первой коммерческой авиакомпанией страны, основанной пулом инвесторов — он был составлен из муниципального правительства Шанхая и группы местных предпринимателей.
В 1997 году получила допуск на международные маршруты.
В конце 2002 года вышла на Шанхайскую фондовую биржу.
В 2006 году открыла грузовое подразделение.
12 декабря 2007 года стала членом Star Alliance.
11 июня 2009 года было объявлено о поглощении со стороны государственной шанхайской авиакомпании China Eastern Airlines (MU), что должно снизить конкуренцию в аэропортах города и повысить конкурентоспособность конгломерата в масштабах страны.
В феврале 2010 года Shanghai Airlines ушла с биржи, став 100%-ным дочерним предприятием China Eastern, и покинула свою штаб-квартиру в Цзинъане, одном из центральных районов Шанхая.
1 ноября 2010 года покинула Star Alliance и стала аффилированным членом SkyTeam.
Shanghai Cargo Airlines (F4) вошла в состав China Cargo Airlines (CK), грузового подразделения China Eastern.
