Основана 8 февраля 1994 года группой менеджеров ранее разорившейся авиакомпании с таким же названием после того, как в 1993 году Continental Airlines закрыла свою базу в аэропорту Денвер Стэплтон (DEN).
Первый полёт: 5 июля 1994 года из Денвера в Северную Дакоту на Boeing 737-200.
Начальные девять лет своей новой истории авиакомпания работала с базой в Стэплтоне, подобно «оригинальной» Frontier Airlines.
Первый Airbus (A319) перевозчик получил в 2001 году, оборудовав его экранами бортовой мультимедийной системы DirecTV, что было большой редкостью для узкофюзеляжных самолётов того времени. В 2003 году Frontier Airlines стала первым в мире пользователем новой модификации Airbus A318.
11 января 2007 года было подписано 11-летнее соглашение с Republic Airlines, в рамках которого последняя начала выполнять рейсы на 76-местных самолётах Embraer 170 по низконагруженным направлениям сети Frontier.
10 апреля перевозчик объявил себя банкротом, но продолжил операционную деятельность (что позволяет 11 глава Кодекса США о банкротстве). Получив к концу года первую месячную прибыль, менеджмент принял решение о продаже активов Republic Airways Holdings, материнской компании партнёрского перевозчика Republic Airlines. 22 июня 2009 года суд разрешил поглощение банкрота за 108 миллионов долларов США.
В октябре 2013 года Republic Airways Holdings достигли соглашения о продаже авиакомпании фонду прямых инвестиций из Аризоны Indigo Partners приблизительно за 145 миллионов долларов США. В декабре того же года сделка была закрыта.
Frontier Airlines под управлением нового владельца развивается как «ультралоукостер» с минимально возможным объёмом услуг и уровнем комфорта.
