Основана в 1959 году как Polynesian Airlines.
Первый полёт: август 1959 года из Апиа в Паго-Паго (американское Восточное Самоа) на Percival Prince.
Правительство Западного Самоа получило контрольную долю в 1971 году.
В 2005 году Polynesian Airlines прекратила международные полёты, сосредоточившись на местных линиях между Западным и Восточным Самоа. Магистральные линии были отданы Polynesian Blue — совместному проекту австралийской авиакомпании Virgin Blue (49%) и правительства Самоа (49%). Ещё 2% акций принадлежали группе частных самоанских инвесторов. Polynesian Blue обслуживала линии из Апиа в Брисбен (BNE), Окленд (AKL) и Сидней (SYD).
В 2011 году вместе с австралийской компанией самоанская отказалась от слова Blue и переименовалась в Virgin Samoa.
В 2017 году правительство Западного Самоа заявило, что разочаровано результатами деятельности совместного проекта и закрыло его. Авиакомпания Polynesian Airlines снова вышла на международный рынок, при этом сменив название на Samoa Airways. Первым рейсом был 14 ноября полёт из Апиа в Окленд.
