Основана 1 июля 1988 года.
В 1984 году правительство Китая приняло решение о децентрализации Администрации гражданской авиации Китая (Civil Aviation Administration of China; CAAC). Созданная в 1949 году, CAAC была ответственной вообще за всю гражданскую авиацию в Китае: пассажирские перевозки, инфраструктуру, расследование инцидентов, управление воздушным движением, техническое обслуживание воздушных судов и подготовку персонала. Так появились многочисленные региональные авиакомпании и четыре основных перевозчика, ответственные за большинство международных и внутренних магистральных перевозок: Air China, China Southern Airlines, China Eastern Airlines и China Southwest Airlines. У CAAC остались регулирующие функции и административный надзор.
В 1988 году CAAC предоставила семи своим региональным подразделениям, среди которых была и администрация Гуанчжоу, ограниченную операционную автономию со статусом «ассоциированных» авиакомпаний.
Собственное имя и ливрею China Southern Airlines начала использовать в феврале 1991 года. В это время авиакомпания выполняла около 160 рейсов в день приблизительно на 100 маршрутах, используя Ан-24, Boeing 737 и Boeing 757, а также вертолёты и самолёты сельскохозяйственной авиации.
В декабре 1992 года China Southern разместила заказ на шесть широкофюзеляжных самолётов Boeing 777-200 номинальной стоимостью около 800 миллионов долларов США, сделав тем самым публичную заявку на международные операции.
Окончательно как независимая компания China Southern оформилась 10 октября 1993 года: с этого момента перевозчик смог самостоятельно привлекать стороннее финансирование, создавать дочерние организации, — однако CAAC остался главным акционером управляющего холдинга.
Первые годы своей собственной истории авиакомпания была сфокусирована на домашнем рынке — и вместе с двумя другими гигантами из CAAC, China Eastern и Air China, контролировала около половины пассажиропотока.
На трансграничных маршрутах дело обстояло иначе: назначенная национальным перевозчиком Air China получила обширную международную сеть, тогда как China Eastern назначили восточноазиатские линии, а China Southern — направления в Южной и Юго-Восточной Азии. Поэтому дальнемагистральный сервис они были вынуждены строить практически с нуля.
